1、当事人相应的资质问题导致合同无效或合同主体不适格。目前部分施工单位为了规避资质问题达到中标结果，借用其他单位的资质证书或者以其他企业的名义投标，所得利益内部分成。这样的施工合同往往以报价低廉、工程质量标准要求低、工期不确保、程序简单、监管不到位为特点。规避的方式多为证书借用、名义顶替、实为独立明为附属等。笔者认为不具备上述资质、资格或者超越资质证书的等级范围而订立的建设工程施工合同应从法律上讲应认定为无效合同，但从实务操作上论为保护当事人双方的既得利益，维护正常的社会秩序和经济秩序应具体对待。
2、联营共建问题。建设工程领域内联营共同成立项目部或指挥部共建一项工程很常见，主要是一个单位资金人力不足，利益驱使和其他单位联合参与共建一项工程。常见于邀请招标、协议工程、内部工程等中小规模工程。此类合同往往因联营方因为利益分配、人员管理、工程分工问题而产生纠纷，致使工程不能顺利开展，导致发包人的利益损失。并且一旦发生纠纷一方当事人如果将未参与发包、签约过程的联建单位作为案件当事人，由于其并不是建设工程合同的当事人，便会出现是否有依据判令其承担合同责任的问题。由于目前尚无明确的法律规定，各法院在实践中做法不一，影响了执法的统一性。
3、非法转包、分包问题。《招投标法》和《建设工程施工招标投标管理办法》都明确规定了禁止承包人非法转包和违法分包建设工程。但实践中，很多发包企业监管不利或者说忽视该现象存在，从而导致非法转包、分包问题发生频繁，最终一旦出现纠纷责任主体难以认定，承包方相互推卸责任，从而导致工程的交付日期和质量不能保证。
4、规避招投标程序或程序违法，在实践过程中很多发包方为图省事、节省开支而规避法律使必须通过招标的工程采取邀请招标或直接谈判的方式进行，因为该合同违反法律强制性规定而无效。
上述问题的解决方法《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》已作出解释和处理办法，根据最高人民法院的司法解释以及现实中的实际情况，笔者认为应做如下处理：
首先，有关施工资质不合格及规避招投标程序的施工合同不应一概认定合同无效，应视工程进展情况而定，如工程尚未开工，合同应认定无效，双方当事人应根据法律规定重新确立有资质的当事人或者废标之后重新组织招投标并签定合法的建筑工程施工合同；如果工程已经开工可根据工程进度以及特殊情况来决定是否继续由施工方施工，但合同相对内容应有所改变；如果工程已开工，没有特殊情况必须由施工方继续施工，应改变施工主体，有过错的一方应承担过错赔偿责任
其次，有关联营共建问题，联营共建与联合投标不同，联营共建的各方当事人是分散的并且一般都有建设资质，施工合同中的签约的承建方可能是一个主体也可能是多个主体。而联合投标是以一个共同的主体参与投标各方均为建设施工合同的当事人，联合投标主体以资质较底的单位确立整体资质。笔者认为联营共建合同一旦发生纠纷实际参与者都应是责任的主体，属必要共同诉讼，但联建方的几个主体内部责任的划分应视各方实际参与经营情况而定；联合投标的几个主体根据合同相对性原则可以确定一个诉讼主体，其他联合主体可以被列为第三人。
最后，非法转包、分包问题。该问题不应适用合同相对性原则，非法转包、分包的双方当事人应为共同被告承担连带赔偿责任，并为共同诉讼主体。
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